Majelis Sinode Wilayah (MSW) GKI SW Jateng merupakan lembaga kepemimpinan GKI yang bersifat tetap dalam aras Sinode Wilayah Jawa Tengah, yang menjadi wadah bagi para pejabat gerejawi untuk menjalankan pelayanan kepemimpinan mereka secara kolektif-kolegial.

Departemen yang berada di bawah MSW

Membina hubungan yang lebih baik dengan : UKSW, UKDW, STT Jakarta dalam koordinasi dengan BPMS GKI

Membina hubungan baik dengan lembaga-lembaga GKI - GKJ dan kerjasama dengan gereja - gereja mitra GKI lainnya.

Revilitasi LLPS, Jogja

Merupakan Lembaga dibawah naungan BPMSW GKI SW Jateng yang mengelola Wisma Sejahtera, Magelang dan Griya Sejahtera, Ngablak, Kopeng, Kabupaten Magelang - dimana Wisma Sejahtera dan Griya Sejahtera merupakan sarana yang dimiliki GKI SW Jateng untuk dapat dipakai bagi pelayanan mulai dari lingkup Jemaat GKI, Klasis, Sinode Wilayah, serta Sinode GKI.

Komisi dibawah naungan Departemen Pembangunan Gereja